1. Memproses permohonan bagi kemasukan:
    1. Darjah Satu ke SAKJ dalam tempoh empat (4) bulan daripada tarikh tutup permohonan.
    2. Tingkatan Satu ke SMAKJ dan tingkatan enam ke MJ dalam tempoh dua (2) bulan daripada tarikh tutup permohonan.
  2. Memastikan proses pengajaran dan pembelajaran dapat dilaksanakan mengikut sukatan yang ditetapkan.
  3. Mengeluarkan keputusan peperiksaan bersijil dalam tempoh sepuluh (10) minggu selepas peperiksaan dijalankan.
  4. Mengeluarkan Sijil SDEA dan SDKA dalam masa enam (6) bulan selepas tamat tarikh rayuan.
  5. Memastikan setiap murid Sekolah Agama Kerajaan Johor (SAKJ) menerima Skim Pinjaman Kitab (SPK) pada hari pertama sesi persekolahan.
  6. Membuat penaziran SAKJ / SMAN / R (SABK) sekurang-kurangnya 70 kali setahun.