Fungsi Jabatan
Merancang, menyelaras urusan pentadbiran, melaksanakan pembangunan fizikal dan sumber manusia dengan pengurusan yang bersistem, berkesan serta berkualiti
Menguatkuasakan undang-undang agama Islam secara efisien di dalam melaksanakan amar ma’ruf nahi mungkar.
Merancang, menyelaras dan mentadbir pengurusan Institusi Pendidikan Agama Islam Negeri Johor bagi melahirkan insan kamil
Merancang program-program pembangunan institusi keluarga bahagia mengikut hukum syarak dan Undang-undang Keluarga Islam Johor.
Melahirkan sebuah masyarakat yang memahami dan mengamalkan ajaran Islam yang sebenar dengan memberi kefahaman Islam kepada semua lapisan masyarakat melalui penyebaran, pengembangan dan pemeliharaan kesucian Agama Islam.
Mengurus proses pengeluaran dan pematuhan terhadap sijil pengesahan halal malaysia (SPHM) serta aduan halal bagi memastikan produk dan barang gunaan terjamin halal, suci, selamat dimakan dan digunakan
Merancang dan menyelaras Hal Ehwal Pengurusan Masjid dan Surau Negeri Johor sebagai pusat pembangunan rohani dan perpaduan ummah bagi mewujudkan institusi masjid yang cemerlang
Membuat kajian dan penilaian terhadap isu Hal Ehwal Islam Negeri Johor yang berkaitan dengan aqidah, syariah, moral, sosial, bahan-bahan terbitan, dan lain-lain
Melaksanakan dasar yang diputuskan oleh Majlis Agama Islam dan Kerajaan serta mengikut peraturan-peraturan yang terkandung dalam enakmen-enakmen yang berkaitan dengan Agama Islam Negeri Johor