Sejarah Penubuhan
Merujuk Undang-undang Tubuh Kerajaan Negeri Johor tahun 1897, fasal 28, Jemaah Menteri telah diinstitusikan secara bertulis. Berikutan itu, rombakan besar dalam struktur pentadbiran kerajaan Johor telah dilakukan. Diantara Jabatan baru yang diwujudkan ialah Jabatan Agama dan Pelajaran (Ecliastical And Education Department ). YM Ungku Mohd Khalid bin Daeng Ibrahim telah diperkenan menjadi Yang Dipertua Jabatan Agama dan Pelajaran. Dari segi tarafnya, Jabatan tersebut boleh disifatkan bertaraf kementerian apabila beliau dilantik menjadi Ahli Jemaah Menteri. Sebagai agensi kerajaan, Jabatan Agama dan Pelajaran mempunyai satu jawatan eksekutif yang terpenting iaitu Setiausaha. Orang pertama menyandang jawatan itu ialah Mohd Khalid bin Haji Abdul Munshi dalam tahun 1906. Bahagian Pelajaran dipisahkan sebagai satu Jabatan yang berasingan. Pada tahun 1918, organisasi Jabatan Agama dapat digambarkan seperti berikut :
Manakala struktur organisasi Jabatan Agama Johor pada tahun 1921 adalah seperti berikut :
Struktur pentadbiran Jabatan Agama Johor dan Pelajaran kelihatan lebih teratur dan tersusun, begitu juga pengkhususan tugasan jika dibandingkan dengan keadaan di akhir abad ke-19. Pada abad tersebut untuk menentukan awal Ramadan, ia wajib ditentukan oleh tiga orang tokoh agama. Contohnya, puasa pada 1 Ramadan 1302 Hijrah disahkan oleh Hakim Haji Mohd Salleh selaku “Syeikhul Islam Johor” dan Mufti Syed Salim bin Ahmad Al-Attas. Agak sukar ditemui peranan Syeikhul Islam di Johor tetapi peranan Pejabat Mufti pula jelas, iaitu bertanggungjawab menegeluarkan tauliah mengajar agama Islam kepada guru-guru agama. Manakala Pejabat Kadi selaku Pendaftar cerai dan rujuk juga bertanggungjawab kepada soal-soal masjid dan kakitangannya. Antara jentera Jabatan Agama Johor yang penting iaitu Jawatankuasa Pelajaran Agama yang bertanggungjawab kepada perkara-perkara berikut:
Berdasarkan peranan Jawatankuasa Majlis dan Jawatankuasa Pelajaran Agama Johor, satu rumusan dibuat iaitu kedua-dua jawatankuasa itu merupakan nadi yang menggerakkan Jabatan Agama Johor. Kedua-dua jawatankuasa tersebut adalah badan penggubal dasar manakala Jabatan Agama melalui pengawai-pegawainya sebagai saluran pelaksanaan dasar dan keputusan kedua-dua jawatankuasa itu.