- Menyelaras tugas audit dalam dengan audit luar;
- Melaporkan kakitangan yang melakukan penyelewengan;
- Mengemukakan laporan setiap suku tahun kepada Pengarah;
- Menjalankan kerja-kerja penyemakan, kajian dan analisa keperluan pengauditan terhadap bahagian, daerah dan sekolah-sekolah agama Negeri Johor;
- Menguruskan Laporan Tahunan Unit Audit Dalam;
- Menjalankan tugas pengauditan bagi pentadbiran dan kewangan di bahagian, daerah dan sekolah – sekolah agama Negeri Johor;
- Menyediakan laporan hasil auditan kepada Pengarah;
- Membuat auditan mengejut apabila menerima aduan daripada orang awam atau pihak – pihak tertentu;
- Membuat pemantauan Laporan Ketua Audit Negara; dan
- Membuat pemantauan terhadap Laporan Jabatan Audit Negara dan agensi lain yang berkaitan.
